Struktur Organisasi Kecamatan Kota Utara diatur berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2008 tentang Susunan Organisasi Pemerintahan Kecamatan, yang terdiri dari :
1. Camat Eselon IIIA
2. Sekcam Eselon IIIB
3. Kepala Seksi Pemerintahan Eselon IVA
4. Kepala Seksi Ekbang Eselon IVA
5. Kepala Seksi Kesra Eselon IVA
6. Kepala Seksi Trantib Eselon IVA
7. Kasubag Kepegawaian Eselon IVB
8. Kasubag Keuangan Eselon IVB
9. Kasubag Umum dan Arsip Eselon IVB